Odmienne traktowanie jest dopuszczalne w pewnych przypadkach. Po pierwsze, pracodawca może stosować środki, które polepszają sytuację jednego pracownika względem drugiego ze względu na ochronę rodzicielstwa lub niepełnosprawność.
Dopuszczalne jest także stosowanie kryterium stażu pracy przy ustalaniu warunków zatrudniania i zwalniania pracowników, zasad wynagradzania i awansowania oraz dostępu do szkolenia w celu podnoszenia kwalifikacji zawodowych. Dłuższy staż pracy może uzasadniać lepsze warunki pracy pracownika lojalnego wobec pracodawcy.
Naruszeniem zasady równego traktowania nie jest także wyrównywanie szans pracowników wyróżnionych ze względu na jedną lub kilka cech. Przykładem takiej grupy pracowników mogą być osoby niepełnosprawne.
Kościoły, związki wyznaniowe i inne organizacje o charakterze religijnym mają prawo nie zatrudnić kogoś ze względu na religię – pod warunkiem, że wyznanie lub światopogląd są decydującym wymaganiem zawodowym stawianym pracownikowi na danym stanowisku.
